Die halbrunde Hauptapsis mit bekrönendem Giebel bildete den markanten östlichen Abschluss der Klosterkirche auf dem Rupertsberg. Diese nach Osten zur Nahe hin ausgerichtete Schauseite, der sogenannte Ostchor, bildete das liturgische Herzstück der Basilika und nahm den Hochaltar auf.
Architektonische Einbettung im Chorbereich Die halbrunde Hauptapsis stand in direkter baulicher Verbindung mit zwei massiven Flankentürmen, die das Hauptschiff einrahmten. Da die Kirche als Pfeilerbasilika ohne Querschiff konstruiert war, ergaben sich für den gesamten Chorbereich besondere räumliche Notwendigkeiten:
- Die Apsiden der Seitenschiffe wurden baulich in die Untergeschosse der beiden Osttürme integriert, da sie unmittelbar an diese stießen. - Die Platzierung dieser Türme seitlich der Hauptapsis verdeckte die freie Sicht auf den Hochaltar. Dies ist der wesentliche Grund, warum der Damenchor (der Sitzbereich der Nonnen) zentral im Hauptschiff zwischen den Türmen, unmittelbar vor dem Chor und der Apsis, rekonstruiert wird. - Unterhalb des von der Apsis umschlossenen Altarraums befand sich eine gewölbte Krypta, in der die Reliquien des heiligen Rupertus, seiner Mutter Berta und später auch das erste Grab Hildegards von Bingen untergebracht waren.
Spätere „Gotisierung“ der Apsisfenster Ursprünglich wurde die Kirche im rein romanischen Stil erbaut, erfuhr jedoch im Laufe der Jahrhunderte architektonische Anpassungen. Eine wertvolle Quelle für die Rekonstruktion der Hauptapsis ist ein Aquarell von J. A. Ackermann (um 1790). Diese Ansicht zeigt die von der Nahe aus gesehene Ruine der Apsis mit ihrer bewachsenen Gewölbekalotte, der bereits das Dach fehlte. Ackermann dokumentiert auf seiner Zeichnung, dass die ehemals romanischen Rundbogenfenster der Apsis explizit als Spitzbogenfenster ausgearbeitet waren. Forschungen gehen davon aus, dass den ursprünglichen Rundbögen nachträglich lediglich ein Spitzbogen „aufgesetzt“ wurde. Dies zeugt von einer moderaten „Gotisierung“ der Apsis, die mit möglichst geringem baulichen Aufwand durchgeführt wurde.
Die Sprengung der Apsis Nach der Zerstörung des Klosters durch schwedische Truppen im Jahr 1632 blieben die Reste der Apsis und des Chores über Jahrhunderte als Ruine erhalten. Das endgültige Ende dieses Bauensembles kam in den Jahren 1857/1858: Für die Anlage der Trasse der Nahetal-Eisenbahn wurde der gesamte Felssporn, auf dem die halbrunde Hauptapsis, die Türme und der Chorraum standen, restlos weggesprengt.