Der Damenchor (der liturgische Sitzbereich der Nonnen) befand sich im direkten architektonischen Bezug zum Chorbereich und der Hauptapsis mit dem Hochaltar. Seine Ausdehnung auf exakt drei Joche (Arkaden) Tiefe im Ostendes Hauptschiffs ist ein zentrales Ergebnis der baulichen Rekonstruktion und ergab sich aus räumlichen, akustischen und strukturellen Gründen.
Räumliche Notwendigkeit durch die Flankentürme Da die Pfeilerbasilika ohne Querschiff erbaut wurde und die halbrunde Hauptapsis von zwei massiven Osttürmen flankiert war, verdeckten diese Türme den Blick aus den Seitenschiffen auf den Hochaltar. Der Chor der Nonnen musste daher zwingend zentral in das 7 Meter breite Hauptschiff zwischen die Türme, unmittelbar vor den eigentlichen Chorraum und die Apsis verlegt werden. Um ausreichend Platz für die Gemeinschaft aller Ordensfrauen zu bieten, musste sich der Damenchor über die drei östlichsten der insgesamt neun Langhausjoche ausdehnen.
Bestätigung durch die Position der Orgel Die architektonische Annahme von genau drei Jochen Tiefe wird durch ein erhaltenes bauliches Detail der Nordwand gestützt: Dort befindet sich etwas oberhalb der Arkadenscheitel eine rundbogige Maueröffnung, die vom Dachraum des Seitenschiffs zu einer Schwalbennestorgel führte. Diese Öffnung sitzt exakt mittig über dem Scheitel der zweiten Arkade von Osten. Geht man von drei Jochen Tiefe aus, hing diese Orgel somit exakt in der Mitte des Damenchors und bot dort die idealen akustischen Voraussetzungen zur musikalischen Begleitung der Nonnen.
Die Chorschranke als westlicher Abschluss Nach Westen hin – am Ende des dritten Jochs – wurde der Damenchor durch eine Mauer (die Chorschranke) vom restlichen Kirchenschiff abgetrennt. Die Richtigkeit der Rekonstruktion von drei Jochen Tiefe erweist sich auch hier: Legt man diesen Maßstab an, liegt diese westliche Chorschranke genau auf der Ostwand des heutigen Würthschen Hauses (des ehemaligen Gasthofs „Zum Rupertsberg“). Dort befindet sich heute noch in situ das spätgotische südliche Chorschrankenportal.
Den Rekonstruktionen zufolge gab es in dieser Schranke zwei Zugänge zum Damenchor (einen im Süden, einen im Norden). Genau zwischen diesen beiden Türen, auf der Ost-West-Achse der Kirche und mit direkter, ungehinderter Sicht auf den Hochaltar in der Apsis, befand sich ein geschützter Sitzplatz, der höchstwahrscheinlich für die Äbtissin (zunächst Hildegard selbst) reserviert war.
Das Zentrum des Damenchors: Hildegards Gruft Der Damenchor und die Apsis standen auch in einer engen Beziehung zur Grabstätte der heiligen Hildegard. Eine handschriftliche Notiz im Riesencodex beschreibt, dass Hildegards Grabgewölbe "ungefähr zwanzig Schritt vom hohen Altar" (also dem Altar in der Apsis) entfernt lag. Dies entspricht einer Distanz von etwa 12 Metern und verortet die Gruft Hildegards, die im späten 15. Jahrhundert neu angelegt wurde, exakt in der Mitte des drei Joche tiefen Damenchors.