Die beiden Seitenschiffe mit einer Breite von jeweils 4,35 Metern bildeten zusammen mit dem 7 Meter breiten Hauptschiff die räumliche Grundstruktur der rund 30 Meter langen, dreischiffigen Pfeilerbasilika des Klosters Rupertsberg. Im architektonischen und historischen Kontext der Klosterkirche zeichnen sich diese Seitenschiffe durch mehrere funktionale und bauliche Besonderheiten aus:
Fehlendes Querschiff und Integration in die Osttürme Da die 1152 konsekrierte Basilika ohne ein Querschiff konzipiert war, stießen die Seitenschiffe im Osten unmittelbar an die zwei massiven Flankentürme, die das Hauptschiff und die Hauptapsis einrahmten. Um dennoch Platz für Nebenapsiden zu schaffen, wurden die Apsiden der beiden Seitenschiffe baulich in die Untergeschosse dieser Türme integriert.
Belichtung und die Schwalbennestorgel Die Fenster der Seitenschiffe mussten architektonisch zwingend in den Achsen der Arkadenbögen platziert werden. Wären sie so angeordnet worden, dass sie sich gegen die massiven Pfeiler des Hauptschiffs öffneten, hätte dies die Belichtung der Seitenschiffe zu stark beeinträchtigt. Diese notwendige Positionierung führte zu einem charakteristischen Versatz gegenüber den Obergadenfenstern des Hauptschiffs. Dieser Versatz bot an der geschlossenen Wandfläche im Hauptschiff den idealen akustischen Raum für eine Schwalbennestorgel, deren Windmaschine im Dach des nördlichen Seitenschiffs untergebracht war.
Infrastruktur und Zugang für die Nonnen Das südliche Seitenschiff diente als wichtige Schnittstelle zwischen dem Sakralraum und der Klausur:
- Vom südlichen Seitenschiff führte eine Treppenanlage hinab in den tiefer gelegenen Kreuzgang. - Über einen gedeckten Gang, der zu einem östlichen Seiteneingang im südlichen Seitenschiff führte, waren die Zellen unter dem Dormitorium (Schlafsaal) direkt mit der Kirche verbunden. Dies ermöglichte es den Nonnen, schnell und bei jedem Wetter trockenen Fußes in die Kirche zu gelangen, um an den vorgeschriebenen Chorgebeten teilzunehmen.
Spätere Nutzung und Zerstörung der historischen Gräber Nachdem die Klosterkirche 1632 durch schwedische Truppen niedergebrannt worden war, wurde in den vier westlichen Jochen des verbliebenen südlichen Seitenschiffs provisorisch eine Marienkapelle eingerichtet.
Im Jahr 1851 kam es schließlich zur physischen Vernichtung des historischen Untergrunds in diesem Bereich: Um einen Weinkeller für den Gasthof „Zum Rupertsberg“ (das spätere Herthersche bzw. heutige Würthsche Haus) anzulegen, grub man tief unter das Mittelschiff und das südliche Seitenschiff. Bei dieser rücksichtslosen Ausschachtung des Kellers wurden die alten Kirchenfußböden durchbrochen und die zahlreichen mittelalterlichen Nonnengräber, die sich in diesem Bereich unter dem Boden befanden, samt der Skelette und Totenkränze zerstört.