Das Refektorium (der klösterliche Speisesaal) bildete den südlichen Flügel der Klausur und stellte damit den südlichen Abschluss des tiefer liegenden Innenhofs (Kreuzgang) dar, um den sich der Lebens- und Arbeitsbereich der Nonnen auf dem Rupertsberg gruppierte.
Im architektonischen und funktionalen Gesamtkontext der Klausur zeichnet sich das Refektorium durch folgende Aspekte aus:
Bauliche Anordnung und die Klosterküche Das Refektorium war strukturell eng mit der Versorgung des Klosters verzahnt. Den Rekonstruktionen zufolge lag die Klosterküche exakt eingepasst zwischen dem Ostgiebel des Refektoriums und dem Südgiebel des Dormentbaus (dem Schlafsaal im Ostflügel). Diese geschickte Positionierung war äußerst zweckmäßig: Sie gewährleistete nicht nur kurze Wege, um die Speisen direkt in das angrenzende Refektorium zu tragen, sondern ermöglichte es auch, dass der große Kamin der Küche dem benachbarten Schlafsaal der Nonnen etwas Wärme spenden konnte.
Zerstörung und historische Überlieferung Wie die übrigen Klausurgebäude brannte auch der Südflügel bei der Zerstörung des Klosters durch schwedische Truppen im Jahr 1632 aus. Auf einem historischen Plan von Pater Otto aus dem Jahr 1779 ist der Bereich des ehemaligen Speisesaals und der Küche lediglich noch als Schutt- und Trümmerberg verzeichnet. Als der spätere Käufer Franz Herter im Jahr 1819 einen detaillierten Grundstücksplan seines Besitzes anfertigen ließ, fehlte der Bereich des Südflügels; er konnte dieses Areal offenbar nicht erwerben, da es wohl bereits anderweitig verkauft worden war.
Das Geheimnis der unterirdischen Kelleranlagen Eine besonders spannende Frage rankt sich um den Untergrund des Refektoriums. Die Forschungen gehen davon aus, dass sich unter der Ruine des Südflügels ziemlich wahrscheinlich eine alte Kelleranlage erhalten hat, die unter den Schuttmassen die Jahrhunderte überdauert haben könnte.
Auf modernen Luftbildern (etwa von 1957) lässt sich erkennen, dass die historische Ost-West-Achse des ehemaligen Refektoriums heute von zwei modernen, in Nord-Süd-Richtung verlaufenden Gebäuden überbaut ist. Für die Forschung bleibt es eine offene und hochinteressante Frage, ob sich unter dem Südende dieser heutigen Gebäude noch immer ein langer, historischer tonnengewölbter Keller verbirgt, der einst unter dem Refektorium und der Klosterküche angelegt wurde.