Im architektonischen Gesamtkontext des Klosters Rupertsberg bildeten die Klausur und der zentrale Innenhof (Kreuzgang bzw. Kreuzhof) den geschützten Lebens- und Arbeitsraum des adligen Benediktinerinnenkonvents. Während die mächtige Pfeilerbasilika das liturgische Zentrum darstellte, gruppierten sich die funktionalen und wohnlichen Bauten der Klausur unmittelbar südlich an das Kirchenschiff.
Da die Klosteranlage beim verheerenden Brand 1632 durch schwedische Truppen zerstört wurde, stützt sich die Rekonstruktion dieses Bereichs in den Quellen vor allem auf historische Zeichnungen (wie die von Pater Otto aus dem Jahr 1779 und J. A. Ackermann um 1790) sowie auf den detaillierten Grundstücksplan des späteren Käufers Franz Herter aus dem Jahr 1819.
Zugang und Struktur des Kreuzgangs Wegen der topografischen Gegebenheiten lag der Innenhof tiefer als das Kirchenschiff. Vom südlichen Seitenschiff der Basilika führte eine Treppenanlage hinab in den Kreuzgang. Um diesen quadratischen oder rechteckigen Hof herum waren die zentralen Räumlichkeiten des klösterlichen Alltags angeordnet, darunter das Konventgebäude, das Kapitelhaus, die Prälatur und die Klosterschule.
Die Rekonstruktion unterteilt die Klausur in drei wesentliche Flügel:
Der Ostflügel (Dormentbau und Scriptorium) Der östliche Flügel der Klausur bildete den primären Wohn- und Arbeitsbereich der Nonnen. Hier befand sich das Dormitorium (der Schlafsaal). Auf historischen Abbildungen von Ackermann waren in diesem Bereich rätselhafte bodentiefe Mauerbögen zu sehen, die man zunächst fälschlicherweise für die Arkaden des Kreuzgangs hielt. Ein genauerer Blick auf die ältere Zeichnung von Pater Otto offenbarte jedoch, dass es sich um zugemauerte Türen mit darüberliegenden kleinen Fenstern in der Westfassade handelte. Hinter dieser Mauer lassen sich Zellen rekonstruieren, in denen die Nonnen vermutlich das berühmte klösterliche Scriptorium betrieben oder wertvolle Textilarbeiten anfertigten. Eine besondere architektonische Lösung war ein gedeckter Gang, der über dem östlichen Kreuzgangflügel verlief. Dieser verband die Arbeits- und Wohnzellen direkt mit einem östlichen Seiteneingang der Kirche, wodurch die Nonnen bei jedem Wetter trockenen Fußes und auf schnellstem Weg zu den vorgeschriebenen Chorgebeten gelangen konnten.
Der Südflügel (Refektorium und Klosterküche) Den südlichen Abschluss des Innenhofs bildete ein Trakt, in dem das Refektorium (der klösterliche Speisesaal) verortet wird. Am östlichen Ende dieses Südflügels – eingepasst zwischen dem Speisesaal und dem südlichen Giebel des Ostflügels (Dormentbau) – lag die Klosterküche. Diese Anordnung war klug durchdacht: Zum einen konnten die Speisen direkt in das Refektorium getragen werden, zum anderen konnte der große Küchenkamin so platziert werden, dass er dem angrenzenden Schlaftrakt der Nonnen im Winter willkommene Wärme spendete. Unter den Trümmern dieses Flügels blieb vermutlich auch nach der Zerstörung eine historische Kelleranlage erhalten.
Der Westflügel (Kelterhaus und Zollamt) Der westliche Klausurflügel diente in erster Linie wirtschaftlichen Zwecken und war vermutlich in drei bauliche Abschnitte unterteilt. Der südlichste Teil dieses Flügels blieb als Ruine am längsten erhalten: Er wurde noch 1779 von Pater Otto als zweigeschossiges Gebäude beschrieben, das als Kelterhaus mit darunterliegendem Keller diente. Auf dem Plan von Franz Herter (1819) wird dieser erhaltene Teil passenderweise als Sitz des damaligen Zollamts bzw. als Beamtenbau aufgeführt. Vom restlichen Westflügel stand gegen Ende des 18. Jahrhunderts nur noch der untere Teil der Westfassade mit einem großen Torbogen, der in den damaligen Kreuzgarten führte.
Erweiterte Außenanlagen Südwestlich und damit außerhalb des eigentlichen Klausurvierecks schlossen sich weitere Freiflächen an. Hier lagen der von einer Ringmauer umschlossene Klosterfriedhof mit der Michaelskapelle, weitreichende Nutzgärten, Weinberge, ein Sommerhaus, ein Gästehaus sowie Wirtschafts- und Gesindegebäude.