Die Annahme, die Nikolauskapelle sei direkt „in die Ringmauer integriert“ gewesen, ist ein prominenter bauhistorischer Irrtum, der in den Quellen im Rahmen der Rekonstruktion der Klosteranlagen ausführlich diskutiert und widerlegt wird. Im größeren Kontext der Außenanlagen und Befestigungen des Klosters Rupertsberg stellt sich die Situation wie folgt dar:
Der Ursprung des historischen Irrtums Ältere textliche Überlieferungen und historische Abbildungen – allen voran ein Kupferstich von Daniel Meissner aus der Zeit um 1620 – vermittelten das Bild, dass die Nikolauskapelle fest in den Mauerverband der nordöstlichen Klostermauer eingebaut war. Auf Basis dieser Darstellungen ging man lange davon aus, dass die Kapelle unmittelbar neben der bewachten Klosterpforte (Hauptzugang) und der Pförtnerwohnung lag und durch ihre Integration in die wehrhafte Ringmauer praktischerweise zweiseitig zugänglich war.
Baulogische Widerlegung durch die Sprengungen von 1857 Die moderne architektonische Rekonstruktion durch Gerhard Roese korrigiert diese Darstellung eindeutig. Der schlagendste Beweis gegen eine Integration in die Klostermauer ist das spätere Schicksal der Kapelle: Hätte sie tatsächlich im Mauerverband des Ostchors gestanden, wäre sie im Jahr 1857 zwingend weggesprengt worden, als man den Felsen für die Trasse der Nahetal-Eisenbahn abtrug. Die Reste der Nikolauskapelle überstanden diese Zerstörung jedoch und waren nachweislich noch in den Jahren 1957 und 1958 an ihrem angestammten Platz als Ruine bzw. umgebauter Profanbau auf Luftbildern dokumentiert.
Tatsächlicher Standort außerhalb der Befestigung Aus diesem baulichen Überleben lässt sich ableiten, dass die Nikolauskapelle definitiv separat und gänzlich außerhalb der Ringmauer sowie des klösterlichen Areals stand. Sie befand sich etwas weiter nördlich und ein gutes Stück weiter östlich der Klostermauern, direkt am Flussufer der Nahe. Entsprechend lag ihr Eingang auch nicht in einer Verbindungsmauer zum Kloster, sondern befand sich laut historischen Ruinendarstellungen (etwa von J. A. Ackermann um 1790) an der Außenseite, am Westende der Nordwand der Kapelle.
Funktion als Kapelle der Nahe-Schiffer Dass die Kapelle außerhalb der strengen Klausur- und Befestigungsmauern lag, deckt sich auch mit ihrer Bestimmung. Die Nikolauskapelle gehörte funktionell nicht zum geschlossenen Benediktinerinnenkonvent, sondern diente als Kapelle der Nahe-Schiffer. Sie hatte somit eine völlig andere Klientel, einen anderen Eigentümer und höchstwahrscheinlich auch einen anderen Bauherren als das Kloster Rupertsberg. Zudem besaß sie einen eigenen kleinen Dachreiter für eine Glocke, die von den Schiffern geläutet werden konnte.