Die Klosterkirche auf dem Rupertsberg bildete als repräsentativer Sakralbau das Zentrum der gesamten Klosteranlage und wurde 1152 von Erzbischof Heinrich I. von Mainz konsekriert. Die in den Quellen genannten Maße – ca. 30 Meter Länge, 7 Meter Breite für das Hauptschiff und jeweils 4,35 Meter für die Seitenschiffe – vermitteln ein klares Bild ihrer räumlichen Dimensionen und ihrer Einordnung als dreischiffige Pfeilerbasilika ohne Querschiff.
Architektonische Gliederung der 30 Meter langen Anlage Die errechnete Gesamtlänge von 30 Metern unterteilte sich im Innenraum, den Rekonstruktionen von Gerhard Roese zufolge, in insgesamt neun Arkaden (Joche). Das 7 Meter breite Hauptschiff wurde von massiven Pfeilern getragen und von den wesentlich schmaleren Seitenschiffen flankiert.
Da die Basilika ohne ein Querschiff konstruiert war, ergab sich eine kompakte und lineare Führung in Richtung Osten zur Nahe hin: Das 7 Meter breite Hauptschiff mündete in eine Schauseite mit einer halbrunden Hauptapsis und bekrönendem Giebel. Flankiert wurde dieser Ostchor von zwei massiven Türmen, in deren Untergeschossen die kleineren Apsiden der Seitenschiffe untergebracht waren, da der Raum für ein Querschiff fehlte. Unterhalb des Altarraums in der Osthälfte befand sich eine gewölbte Krypta für die Reliquien des heiligen Rupertus, seiner Mutter Berta und später für das Grab von Hildegard von Bingen.
Räumliche Konsequenzen für den Nonnenkonvent Die spezifischen Maße und der Verzicht auf ein Querschiff hatten direkte Auswirkungen auf die Nutzung der Klosterkirche durch die Nonnen. Weil die seitlichen Osttürme den Blick auf den Hochaltar verdeckt hätten, musste der Damenchor (der Sitzbereich der Nonnen) zentral zwischen die Türme vor den Chor und die Apsis verlegt werden. Um in dem 7 Meter breiten Hauptschiff ausreichend Platz für alle Ordensfrauen zu schaffen, dehnte sich dieser Damenchor über die drei östlichsten der insgesamt neun Joche des Kirchenschiffs aus.
Zerstörung der Struktur und Grundlage der Rekonstruktion Die 30 Meter lange romanische Basilika brannte 1632 während des Dreißigjährigen Krieges durch schwedische Truppen aus. Die mächtige Ruine diente in den folgenden Jahrhunderten als Steinbruch. Die endgültige Zerstörung des Baus erfolgte im 19. Jahrhundert:
- 1851 wurden beim Bau eines Kellers für einen Gasthof unter dem ehemals 7 Meter breiten Hauptschiff und dem südlichen Seitenschiff die mittelalterlichen Nonnengräber ausgehoben. - 1857/1858 wurde der Felssporn, der den Ostchor, die Türme und die Krypta trug, für den Bau der Nahetal-Eisenbahn komplett weggesprengt.
Dass die genauen Maße (30 m Länge, 7 m Hauptschiff) heute überhaupt errechnet und rekonstruiert werden können, verdankt die Forschung alten Ansichten (wie dem Kupferstich von Daniel Meissner um 1620 oder Zeichnungen von J. A. Ackermann und Christian Georg Schütz um 1790), dem detaillierten Grundstücksplan des Käufers Franz Herter von 1819 und den letzten physischen Überresten der Basilika. Von der ehemals 30 Meter langen und durch neun Arkaden gegliederten Südwand des Hauptschiffs haben sich fünf romanische Arkadenbögen im Mauerwerk des heutigen Würthschen Hauses erhalten.