Die Klosterschule war den Quellen zufolge ein essenzieller Bestandteil des klösterlichen Lebensraums auf dem Rupertsberg. Gemeinsam mit der Prälatur, dem Konventgebäude (Dormitorium) und dem Kapitelhaus zählte sie zu jenen zentralen Gebäuden der Klausur, die sich unmittelbar um den tiefer liegenden Kreuzgang (Innenhof) gruppierten.
Im Rahmen der architektonischen Rekonstruktion der Gesamtanlage wird der genaue Standort der Schule im nördlichen bzw. nordöstlichen Bereich des Klosterareals verortet. Diese Annahme stützt sich auf Bildquellen und alte Pläne, birgt jedoch auch gewisse Interpretationsspielräume:
Das Aquarell von Ackermann als visuelles Indiz Ein wichtiger Hinweis auf das Aussehen und die Lage der Klosterschule ist ein Aquarell von J. A. Ackermann (um 1800). Eine topografische Analyse des darauf abgebildeten Weges lässt darauf schließen, dass der Künstler bei der Anfertigung an der Nordost-Ecke des Klosters saß. Im Hintergrund dieses Bildes fällt die Nordmauer eines vermutlich einstöckigen Gebäudes auf, das eine auffällige Kette romanisch aussehender Rundbogenfenster besaß. Der Forscher Gerhard Roese argumentiert, dass diese starke Durchfensterung ideal für Schul- oder Arbeitsräume gewesen wäre, weshalb man sich die historisch belegte Klosterschule sehr gut in genau diesem Gebäude vorstellen kann.
Abweichende Angaben im Herterschen Plan Eine gewisse Unklarheit bezüglich dieser Lokalisierung ergibt sich aus dem detaillierten Grundstücksplan, den Franz Herter 1819 von seinem erworbenen Areal anfertigen ließ. Herter zeichnete an dieser Stelle in der unversehrten Nordost-Ecke zwar ein Quadrat ein, versah es jedoch mit einer Notiz, die sich laut Roese möglicherweise als „Kelterhaus“ entziffern ließe. Zudem vermerkte Herter auf dem Plan, dass er ein kleines Gärtchen in genau diesem Eingangsbereich der Nordost-Ecke im Jahr 1852 an einen Herrn Höfler verkauft habe.
Trotz dieser potenziell widersprüchlichen textlichen Zuordnung auf dem späteren Grundstücksplan stützt sich die Rekonstruktion der Schule im nördlichen Randbereich maßgeblich auf die baulichen Merkmale der von Ackermann gezeichneten Fensterfront, die typisch für die Belichtung eines klösterlichen Schreib- oder Schulraums gewesen wäre.