Der Kreuzgang bildete das funktionale und räumliche Bindeglied zwischen der mächtigen Klosterkirche und den Wohn- sowie Wirtschaftsgebäuden der Klausur auf dem Rupertsberg. Er lag unmittelbar südlich der Basilika und zeichnete sich durch seine topografisch tiefer liegende Position aus.
Topografische Lage und Zugänge Aufgrund des abfallenden Geländes lag der zentrale Innenhof, der in den Quellen auch als Kreuzhof oder „Kreuzgarten“ bezeichnet wird, deutlich tiefer als das Kirchenschiff. Der primäre Zugang erfolgte aus dem Sakralbau heraus: Vom südlichen Seitenschiff der Basilika führte eine Treppenanlage hinab in den tiefer liegenden Kreuzgang.
Neben dieser Treppenverbindung im Westen des Seitenschiffs existierte weiter östlich ein zweiter, witterungsgeschützter Zugang. Ein gedeckter Gang verlief über dem östlichen Kreuzgangflügel und verband die Arbeits- und Wohnzellen der Nonnen direkt mit einem östlichen Seiteneingang in das südliche Seitenschiff der Kirche. Diese ausgeklügelte Architektur ermöglichte es den Ordensfrauen, das höher gelegene Kirchenschiff schnell und trockenen Fußes zu erreichen, um an den regelmäßigen Chorgebeten teilzunehmen.
Dass der Kreuzgang sich direkt und geradlinig an die südliche Längsseite der Basilika schmiegte, lässt sich noch auf dem detaillierten Grundstücksplan des Käufers Franz Herter aus dem Jahr 1819 ablesen: Dort war ein Weg parallel zum ehemaligen südlichen Seitenschiff verzeichnet, der derart schnurgerade verlief, dass er höchstwahrscheinlich die exakte Trasse des ehemaligen nördlichen Kreuzgangflügels abbildete.
Das Zentrum der klösterlichen Gebäude Der tiefer liegende Kreuzgang fungierte als architektonischer Verteiler, um den herum die wichtigsten Gebäude für den Alltag des adligen Nonnenkonvents angeordnet waren. Die Quellen nennen hierbei als direkte Anbauten die Prälatur, das Konventgebäude mit dem Dormitorium (Schlafsaal), das Kapitelhaus und die historisch belegte Klosterschule.
Im größeren Kontext der Klausur ergab sich durch die rechteckige oder quadratische Führung des Kreuzgangs eine funktionale Dreiteilung der angrenzenden Flügel:
- Osten: Hier lag der Dormentbau als primärer Wohn- und Arbeitsbereich, der durch den gedeckten Kreuzgangflügel mit der Kirche verbunden war. - Süden: Diesen Abschluss der Klausur bildeten die gemeinschaftlichen Versorgungsräume, namentlich das Refektorium (Speisesaal) und die Klosterküche. - Westen: Der westliche Kreuzgangflügel war Wirtschaftsgebäuden wie dem Kelterhaus und Stallungen vorbehalten. Von diesem Trakt stand im späten 18. Jahrhundert noch eine Mauer mit einem großen Torbogen, der direkt in den Innenhof (den „Kreuzgarten“) führte.
Südwestlich und damit knapp außerhalb dieses vom Kreuzgang umschlossenen inneren Kernbereichs schlossen sich weitere Anlagen an, allen voran der ummauerte Klosterfriedhof mit der Michaelskapelle sowie ausgedehnte Nutzgärten.