Wenn wir die Ursachen für die Zerstörung im Rahmen der „kurzen Geschichte“ des anfänglichen Augustinerklosters Eibingen sowie der späteren Klosteranlage betrachten, benennen die Quellen verschiedene militärische, politische und auch ungeklärte Gründe, die das Schicksal des Standorts prägten:
Die direkte Ursache für das plötzliche Ende des ursprünglich 1148 gegründeten Augustiner-Doppelklosters waren die Reichskriege unter Kaiser Friedrich I. Barbarossa . Kaiserliche Truppen drangen in den Rheingau vor, brandschatzten und zerstörten die Gebäude. Infolge dieser Gewalt wurde die klösterliche Gemeinschaft zur Flucht gezwungen. Dies war die Ursache dafür, dass die Anlage verwaiste, verfiel und bis zu ihrer Übernahme und dem Wiederaufbau durch Hildegard von Bingen im Jahr 1165 leer stand.
Der Dreißigjährige Krieg als Ursache der benediktinischen Umsiedlung (1632) Eine weitere maßgebliche Zerstörung betraf zunächst nicht die Gebäude in Eibingen, veränderte aber die Geschichte des Ortes tiefgreifend: Im Jahr 1632 zerstörten schwedische Truppen während des Dreißigjährigen Krieges das Mutterkloster Rupertsberg bei Bingen. Diese Zerstörung war die Ursache dafür, dass die Nonnen mitsamt den wertvollen Reliquien und Handschriften der Hildegard von Bingen (wie dem Werk Scivias) flohen und ab 1641 dauerhaft in den Eibinger Gebäuden Zuflucht suchten.
Säkularisation als politische Ursache des Gebäudeabbruchs (1802/1803–1817) Eine institutionelle und teils bauliche „Zerstörung“ erfuhr das Kloster im frühen 19. Jahrhundert. Die Ursache hierfür lag im Reichsdeputationshauptschlussvon 1802/1803, der zur Aufhebung der Abtei führte. Als Folge dieser politischen Säkularisation wurde das Kloster 1814 durch die nassauische Regierung geräumt, woraufhin im Jahr 1817 der West- und Südflügel der Anlage komplett abgerissen wurden.
Das Feuer von 1932 (Ungeklärte Ursache) In der neueren Geschichte wurden die – inzwischen als Pfarrkirche genutzte – ehemalige Klosterkirche und der verbliebene Ostflügel in der Nacht vom 3. zum 4. September 1932 durch einen verheerenden Brand vernichtet. Die Quellen weisen ausdrücklich darauf hin, dass dieses Feuer aus ungeklärter Ursacheausbrach. Diese Brandzerstörung machte einen Neubau zwingend erforderlich und führte zur Errichtung des heutigen, 1935 eingeweihten Kirchenbaus der Architekten Hans und Christoph Rummel.