Gründung und frühe Jahre Im Jahr 1148 gründete die adlige Marka (auch Marcka) von Rüdesheim das Kloster in Eibingen. Es wurde ursprünglich als Augustiner-Doppelkloster (für einen Männer- und einen Frauenkonvent) ins Leben gerufen, was den kirchenreformatorischen Bestrebungen des 12. Jahrhunderts entsprach. Die Gründung wurde durch eine Urkunde des Mainzer Erzbischofs Heinrich I. offiziell besiegelt.
Zerstörung und Übernahme durch Hildegard von Bingen Die erste augustinische Epoche währte nur kurz. Während der Kriegswirren unter Kaiser Friedrich I. Barbarossa fielen Truppen in den Rheingau ein, zerstörten die Gebäude und vertrieben die Ordensgemeinschaft. Die Klosteranlage stand daraufhin bis 1165 leer und verfiel. In diesem Jahr erwarb die Äbtissin Hildegard von Bingen die Ruinen, um dem personellen Zuwachs in ihrem Hauptkloster Rupertsberg gerecht zu werden. Sie ließ das Kloster wiederaufbauen und besiedelte es neu, allerdings fortan mit Benediktinerinnen.
Vorübergehende Rückkehr der Augustinerinnen Jahrhunderte später kehrten vorübergehend wieder Augustinerinnen nach Eibingen zurück. Da die Zahl der Benediktinerinnen bis zum Jahr 1575 auf lediglich drei Nonnen gesunken war, siedelten diese in das Zisterzienserinnenkloster Marienhausen um. Die verlassenen Gebäude boten daraufhin Zuflucht für Augustiner-Chorfrauen aus dem Stift St. Peter bei Bad Kreuznach, die vor der Reformation fliehen mussten. Diese Phase endete 1603, als die Rupertsberger Äbtissin Cunigundis Freiin von Dehrn die rechtliche Rückgabe des Anwesens an den Benediktinerorden erfolgreich aushandelte.
Hinweis auf historische Verwechslungsgefahr Die Texte warnen zudem vor einer archivalischen Fehlzuordnung. In historischen Registern zu Friedensverhandlungen wird gelegentlich ein Augustinerkloster erwähnt, das in der Reformationszeit aufgelöst wurde und in den 1630er Jahren durch den Fürstbischof Franz Wilhelm von Wartenberg zu einer Jesuitenuniversität umgebaut werden sollte. Die Quellen stellen klar, dass sich diese Aufzeichnungen auf ein Augustinerkloster in Osnabrück beziehen und keinerlei Verbindung zur Rheingau-Region oder dem Kloster Eibingen haben.