Im größeren Kontext der „kurzen Geschichte und Zerstörung“ des Klosters Eibingen berichten die Quellen von mehreren historischen Zerstörungen. Die Folgen dieser Ereignisse waren jeweils tiefgreifend und veränderten die bauliche sowie spirituelle Entwicklung der Anlage grundlegend:
1. Folgen der Zerstörung durch Kaiser Barbarossa (12. Jahrhundert) Die unmittelbare Folge der Brandschatzung durch die kaiserlichen Truppen war die Flucht der ursprünglichen augustinischen Ordensgemeinschaft. Die stark beschädigten Gebäude standen daraufhin bis zum Jahr 1165 völlig unbewohnt und ungenutzt leer. Paradoxerweise war genau dieser bauliche Verfall die entscheidende historische Voraussetzung für die weltbekannte benediktinische Epoche des Ortes: Da Hildegard von Bingens Erstkloster Rupertsberg aus allen Nähten platzte, ergriff sie die Chance, die verlassenen Ruinen in Eibingen 1165 käuflich zu erwerben, sie zu restaurieren und mit ihren Benediktinerinnen neu zu besiedeln.
2. Folgen der Zerstörung des Mutterklosters Rupertsberg (1632) Eine weitere kriegerische Zerstörung betraf zunächst nicht Eibingen selbst, hatte aber massive Konsequenzen für den Standort. Als das Mutterkloster Rupertsberg im Dreißigjährigen Krieg (1632) von schwedischen Truppen zerstört wurde, mussten die dortigen Nonnen fliehen. Die Folge war die dauerhafte Übersiedlung des Konvents nach Eibingen im Jahr 1641. Im Zuge dieser Flucht rettete die Äbtissin Anna Lerch von Dirmstein den kostbaren Eibinger Reliquienschatz (darunter Gebeine der Hildegard) sowie die originale Handschrift ihres Hauptwerkes Scivias in das Eibinger Kloster. Diese Übersiedlung machte Eibingen zum dauerhaften Aufbewahrungsort dieses Schatzes.
3. Folgen der Säkularisation (frühes 19. Jahrhundert) Infolge des Reichsdeputationshauptschlusses (1802/1803) wurde die Abtei aufgehoben und 1814 von der nassauischen Regierung geräumt. Die Folgen für die Klosteranlage waren verheerend:
- Baulicher Abbruch: Der West- und Südflügel des Klosters wurden 1817 komplett abgerissen. - Ausverkauf des Inventars: Die gesamte Innenausstattung wurde verkauft, wobei viele Stücke (sowie Teile der Reliquien des hl. Rupert und seiner Mutter) in die Rochuskapelle bei Bingen überführt wurden. Die Reliquien der Hildegard blieben jedoch vor Ort. - Wandel zur Pfarrkirche: Die verbliebene ehemalige Klosterkirche wurde 1831 von der Gemeinde gekauft und avancierte zur katholischen Pfarrkirche Eibingens.
4. Folgen des Klosterbrandes (1932) In der neueren Geschichte brach in der Nacht zum 4. September 1932 ein verheerender Brand aus, der die als Pfarrkirche genutzte alte Klosterkirche sowie den Ostflügel vernichtete. Die Folge war, dass die Kirche nicht im alten barocken Stil rekonstruiert wurde. Stattdessen errichteten die Architekten Hans und Christoph Rummel einen modernen Klinker- und Ziegelbau in zeitgenössischen Formen, der 1935 eingeweiht wurde. Der Neubau ruht jedoch weiterhin auf den originalen Grundmauern, und der unversehrte historische Keller aus dem 17. Jahrhundert wird bis heute vom Bischöflichen Weingut zur Vinifizierung genutzt.