Die Sprengung des Felssporns in den Jahren 1857 und 1858 markiert den absoluten Tiefpunkt und das endgültige, unwiederbringliche Ende in der Zerstörungsgeschichte der Architektur des Klosters Rupertsberg. Im Gesamtkontext der Bau- und Zerstörungsphasen bildete dieses Ereignis den radikalen Schlusspunkt einer Entwicklung, die mit der romanischen Gründung (1147–1152) begann und über den verheerenden Schwedenbrand von 1632 sowie die anschließende Nutzung der Anlage als Steinbruch in einen jahrhundertelangen Verfall mündete.
Der Bau der Nahetal-Eisenbahn Nachdem die Kirchenruine den Dreißigjährigen Krieg und die Säkularisation noch als weithin sichtbares Monument überstanden hatte, fiel sie in der Mitte des 19. Jahrhunderts der modernen Infrastrukturentwicklung zum Opfer. Um Platz für die neue Gleistrasse der Nahetal-Eisenbahn (durch die Rhein-Nahe-Eisenbahn-Gesellschaft) entlang des westlichen Naheufers zu schaffen, wurde der Felssporn, auf dem der östliche Teil der ehemaligen Klosterkirche thronte, rigoros weggesprengt.
Vernichtung des Chores und der historischen Krypta Dieser brutalen Maßnahme fielen die noch vorhandenen Fundamente der Türme, der Apsis und des gesamten Chores restlos zum Opfer. Besonders schwerwiegend war die vollständige physische Vernichtung der historischen Grabkrypta unterhalb des Altarraums. Ein Bericht des Historikers Peter Bruder aus dem Jahr 1882 hielt fest, dass man dieses gemauerte, mit viereckigen Fliesen geplättete und mannshohe Gewölbe beim Durchbrechen des Berges 1858 noch sehen konnte, bevor es aufgesprengt wurde. Einer zeitgenössischen Zeitungsmeldung zufolge soll bei diesen Sprengungen sogar ein Sarkophag aus der aufgerissenen Gruft geborgen und nach oben geschafft worden sein.
Das architektonische Fazit der Zerstörungsphasen Die Sprengungen von 1857/58 vollendeten die Zerstörung des Kircheninneren, die bereits 1851 begonnen hatte, als beim rücksichtslosen Ausheben von Kellerräumen für den Gasthof „Zum Rupertsberg“ im Bereich des Haupt- und Seitenschiffs die historischen Nonnengräber ausgehoben und vernichtet wurden.
Als die Trasse 1858 fertiggestellt war, waren die letzten sichtbaren Spuren der eigentlichen Klosteranlage verschwunden. Von der im 12. Jahrhundert konsekrierten und im 15. Jahrhundert gotisierten Basilika blieben lediglich fünf romanische Arkadenbögen der Kirchenwand erhalten. Diese überdauerten die Zerstörung einzig und allein deshalb, weil sie nicht auf dem weggesprengten Felssporn standen, sondern etwas weiter westlich in ein damals neu errichtetes Wohngebäude (das Hertersche, heute Würthsche Haus) integriert worden waren. Auch Gebäude, die nachweislich außerhalb der Klostermauern standen – wie die Nikolauskapelle am Flussufer –, blieben von den Sprengungen für den Gleisbau verschont.