Die Gründungs- und Konsekrationsphase zwischen 1147 und 1152 markiert den architektonischen und spirituellen Ursprung des Klosters Rupertsberg und bildet das Fundament für alle späteren Bauphasen bis hin zu seiner systematischen Zerstörung.
Die Loslösung und Gründung (1147–1151) Um das Jahr 1147 entschied sich Hildegard von Bingen für einen bewussten emanzipatorischen Akt: Sie verließ mit 18 adligen Schwestern das Doppelkloster Disibodenberg, um sich aus der Vormundschaft der dortigen Mönchsgemeinschaft zu befreien. Als neuen Standort wählte sie einen Hügel an der Mündung der Nahe in den Rhein, den sie in einer eigens entworfenen Heiligenlegende als Grabstätte des heiligen Rupert deklarierte. Zwischen 1147 und 1150/1151 entstand dort über den Resten einer historischen Pfalzkapelle das neue Klosterensemble.
Die Konsekration durch Erzbischof Heinrich (1152) Den architektonischen Mittelpunkt dieser ersten, romanischen Bauphase bildete eine dreischiffige Pfeilerbasilika ohne Querschiff, die rund 30 Meter lang war. Diese Hauptkirche wurde im Jahr 1152 durch den Mainzer Erzbischof Heinrich I. feierlich konsekriert (geweiht). Die Altäre wurden dabei unter anderem der heiligen Maria, den Aposteln Philippus und Jakobus sowie den Heiligen Rupert und Martin geweiht. Im Zentrum der architektonischen Konzeption des Ostchors lag – passend zu Hildegards Gründungslegende – eine gewölbeartige Krypta unterhalb des Altarraumes, die als Aufbewahrungsort für die Gebeine Rupertus' und seiner Mutter Berta sowie später als Grabstätte für Hildegard selbst diente.
Einordnung in die späteren Bauphasen Diese von 1147 bis 1152 errichtete romanische Grundstruktur prägte das Aussehen des Klosters für Jahrhunderte. Ein zeitgenössischer Chronist beschrieb die Anlage bereits 1177 als überaus stattlich und geräumig. Obwohl die Anlage im späten 15. Jahrhundert (ab ca. 1489) im Zuge von Hildegards Verehrung eine spätgotische Überformung erfuhr – bei der etwa ein neues Chorschrankenportal eingebaut und die ursprünglich romanischen Apsisfenster mit Spitzbögen gotisiert wurden –, blieb die unter Hildegard konsekrierte Bausubstanz im Kern erhalten. Die Eingriffe modernisierten die Architektur lediglich, ohne die Originalstrukturen der Gründungsepoche zu zerstören.
Der Kontrast zur restlosen Zerstörung Die enorme Leistung der Gründungsphase von 1147 bis 1152 steht in einem tragischen Kontrast zur fast vollständigen physischen Auslöschung der Anlage in der Neuzeit. Während der Dreißigjährige Krieg 1632 durch die schwedische Brandstiftung "nur" den Verlust der Dächer, Gewölbe und Nebengebäude brachte und die romanische Kirchenruine noch lange als markantes Monument sichtbar blieb, endete die Baugeschichte im 19. Jahrhundert in der totalen Zerstörung.
Beim Anlegen von Weinkellern für ein Gasthaus wurden 1851 zunächst die historischen Nonnengräber unter dem Kirchenfußboden der Ruine rücksichtslos ausgehoben. Den endgültigen Todesstoß erfuhr der Rupertsberg in den Jahren 1857 und 1858, als der Felssporn für den Bau der Nahetal-Eisenbahn komplett weggesprengt wurde. Dieser rigorosen Sprengung fielen die Fundamente des Chores, der Apsis, der Türme sowie die historische Grabkrypta unter dem Altarraum restlos zum Opfer. Von dem eindrucksvollen Kirchenbau, den Erzbischof Heinrich 1152 konsekriert hatte, überdauerten lediglich fünf romanische Arkadenbögen, die heute als einzige Zeugen der einstigen Größe verborgen in ein späteres Wohngebäude (das Würthsche Haus) integriert sind.