Im übergreifenden historischen und architektonischen Kontext des Klosters Rupertsberg markiert das Jahr 1632 den dramatischen Wendepunkt von der intakten, über Jahrhunderte gewachsenen Klosteranlage hin zu einer verfallenden Ruine. Diese schwedische Katastrophe beendete das monastische Leben vor Ort und leitete jene lange Phase der Zerstörung ein, die im 19. Jahrhundert mit der fast restlosen Auslöschung der Architektur endete.
Besetzung und Plünderung im Dreißigjährigen Krieg Das Schicksal des Klosters wurde durch die geopolitischen Verwerfungen des Dreißigjährigen Krieges besiegelt, als im Frühjahr 1632 schwedische Truppen unter König Gustav Adolf die Nahe- und Rheinebene erreichten. Aus taktischen Gründen besetzte das schwedische Militär den Rupertsberg und zwang den verbliebenen Konvent zur sofortigen Evakuierung. Während die Nonnen über die Nahe flüchteten und in einem baufälligen klostereigenen Haus in der Binger Scharngasse Zuflucht suchten, blieben lediglich der treue Pförtner Hans und der Klosterschaffner auf dem Gelände zurück, um der anrückenden Soldateska stillen Widerstand zu leisten. Die Besatzer hielten sich an Vieh und Weinvorräten schadlos und plünderten die Zellen der Nonnen, die Kirche sowie die Sakristei gründlich aus.
Die systematische Brandstiftung Nach der Plünderung ordnete der Wachtmeister Alexander Hanna – ein gebürtiger Binger, der im Regiment des mit Schweden verbündeten elsässischen Obersten Jakob Ramsa diente – die systematische Brandstiftung an. Die rund 30 Meter lange romanische Klosterkirche und der gesamte Konventkomplex brannten vollständig aus; der Feuerschein war bis weit in den Rheingau hinein sichtbar. Durch das Feuer verlor die Anlage ihre Dächer, Gewölbe und hölzernen Nebengebäude.
Die mutige Rettung des klösterlichen Erbes Trotz der physischen Vernichtung der Bausubstanz konnte das wertvollste literarische und spirituelle Erbe gerettet werden. Die schwedischen Soldaten hatten bei der Plünderung ein unterirdisches Gewölbe unter dem Mittelschiff der Kirche übersehen, in dem Teile der Klosterbibliothek und Reliquien versteckt waren. In der Nacht nach dem verheerenden Brand kehrten Schwester Sybille und einige couragierte Mitschwestern unter akuter Lebensgefahr auf das noch rauchende Trümmerfeld zurück. Es gelang ihnen, **den monumentalen „Riesencodex“, das illuminierte \Scivias\-Manuskript sowie die Reliquien der Heiligen Hildegard, Rupertus und Berta aus dem Gewölbe zu bergen** und zunächst in die Binger Stiftskirche St. Martin in Sicherheit zu bringen. Später gelangten diese Schätze mitsamt den verbliebenen Nonnen in das von Hildegard gegründete Kloster Eibingen auf der anderen Rheinseite, wohin sich der Konvent endgültig zurückzog.
Langfristige Folgen für die Architektur Der Brand von 1632 führte dazu, dass der Rupertsberg nie wieder aufgebaut wurde. Zwar versuchten die Nonnen 1636 noch einmal eine Rückkehr, die Gebäude waren jedoch derart ruiniert, dass ein Neuaufbau außer Frage stand. Die Anlage diente fortan als landwirtschaftliches Klostergut der Eibinger Gründung und die Ruinen wurden systematisch als Steinbruch für den Bau von Wirtschaftsgebäuden genutzt.
Die Ruine der Klosterkirche – mit ihrer Apsis, den Giebeln und Turmstümpfen – prägte und beeindruckte als weithin sichtbares Monument zwar noch bis zum Ende des 18. Jahrhunderts die Landschaft, fiel dann aber im 19. Jahrhundert der Säkularisation und Infrastrukturmaßnahmen zum Opfer. Nach dem Verkauf in private Hände und dem rücksichtslosen Ausheben von Kellern im Jahr 1851 erfuhr die Klosteranlage ihren absoluten Tiefpunkt in den Jahren 1857/1858: Um Platz für die Trasse der Nahetal-Eisenbahn zu schaffen, wurde der gesamte Felssporn mitsamt den Resten des Chors, der Türme und der Grabkrypta restlos weggesprengt. Von der prachtvollen Architektur, die Erzbischof Heinrich 1152 konsekriert hatte, überdauerten lediglich fünf romanische Arkadenbögen der Kirchenwand, verborgen im Mauerwerk eines späteren Wohnhauses.